Nascido a 21 de Dezembro de 1961, em Vilar de Andorinhos, perto de Vila Nova de Gaia, João Pinto conheceu apenas dois clubes na sua carreira. O Clube de Futebol de Oliveira do Douro, onde começou a jogar aos 12 anos e o Futebol Clube do Porto, onde chegou aos 14 anos, fez lá a sua formação e fez lá a sua carreira de sénior. Em Portugal, foram 407 os jogos que o defesa fez, estreando-se na época de 1981/1982 pela mão de José Maria Pedroto e sendo capitão dos "dragões" grande parte da sua carreira.
Conquistou mais de 20 títulos, a nível internacional venceu a Taça dos Clubes Campeões Europeus, a Taça Intercontinental e a Supertaça Europeia. A nível interno participou nos três primeiros campeonatos no penta conquistado pelo Porto. Também pela selecção João Pinto deixou uma marca, tendo somado ao todo 70 internacionalizações. Estreou-se em 1983 numa partida contra a França. Participou no Euro 84 e Mundial de 86, e chegou a ser o português mais internacional de sempre, quando jogou a 67ª partida. Em 70 partidas, João Pinto foi capitão em 42 delas.
Como treinador João Pinto leva já 13 anos de serviço. Na época de 1997/1998 assumiu o comando da equipa de Juniores do FC Porto, estando lá durante sete épocas. Em 2004/2005, o novo treinador do Covilhã assume funções de observador na equipa principal, e no jogo da supertaça europeia, depois de dias antes Co Adriaanse ter saído do clube portista, João Pinto assumiu funções de treinador adjunto, não saindo desse cargo até este momento, tendo trabalhado com o professor Jesualdo Ferreira.
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